Les valeurs de l’Indice de qualité biologique et physicochimique (IQBP) compilée aux stations de mesure montrent que la qualité de l’eau est généralement satisfaisante excepté pour les rivières Lavallée (mauvaise) et à la Loutre (très mauvaise). Deux (2) stations d’analyse de la qualité de l’eau sont actuellement en opération dans le bassin versant sur la rivière Kinojévis à Rouyn-Noranda et sur la rivière des Outaouais à Notre-Dame-du-Nord. De plus, depuis 2004, treize (13) plans d’eau ont été officiellement affectés par les cyanobactéries.

L’acidification de l’eau des lacs est un phénomène qui a été constaté en région. En effet, de par sa situation géographique, le bassin versant se situe dans une zone de convergence de polluants atmosphériques générateurs de pluies acides. Une baisse de l’acidité des lacs a été constatée entre 1982 et 2001 suite aux efforts de réduction des émissions de dioxyde de soufre par les grandes industries. Les lacs colorés situés dans la portion nord du bassin versant sont ceux pour lesquels l’amélioration tend à être plus lente.

• Indice de la qualité de l'eau (IQBP)
• Plans d'eau ayant été touchés par les cyanobactéries depuis 2006

Bien que le potentiel aquifère du secteur d’Amos situé à l’extérieur du bassin versant soit important, celui des formations situées à l’intérieur du bassin n’est pas bien connu à ce jour. Toutefois, 10 piézomètres du Réseau de suivi des eaux souterraines (MDDEP) se retrouvent à l’intérieur de la zone de gestion et enregistrent des mesures de hauteur et de température de l’eau. Une grande proportion des puits individuels privés ne font pas l’objet de vérification de la qualité de l’eau potable de façon régulière. De plus, certains puits situés le long des gisements aurifères et polymétalliques notamment dans le secteur de Rouyn-Noranda sont susceptibles d’être contaminés à l’arsenic de source naturelle.

À l’intérieur du bassin versant, trois (3) espèces fauniques sont considérées comme étant menacées soit la tortue mouchetée, le râle jaune et de carcajou. Plusieurs plantes aquatiques envahissantes ont également été identifiées dans le bassin versant, dont le myriophylle à épi. De plus, certaines populations de poissons (omble de fontaine, touladi et doré jaune) sont soumises aux pressions effectuées par la pêche ainsi que par l’apport de sédiments lié à l’érosion des berges. Ce dernier phénomène est particulièrement présent sur les rives des lacs de grande superficie sur l’ensemble du bassin versant. La fluctuation des niveaux d’eau des réservoirs affecterait également certaines populations de poissons notamment les espèces de salmonidés.